動植物基因組從頭測序
簡介：
基因組從頭測序也叫de novo測序，主要針對基因組序列未知的物種，構建不同類型的基因組DNA文庫，并進行序列測定。然后使用生物信息學方法對測序得到的序列進行拼接、組裝和注釋，從而獲得該物種完整的基因組序列信息。
一、技術路線
動植物基因組從頭測序的主要策略：1、對短片段Shotgun文庫（300-1000 bp）進行深度測序，確保序列覆蓋度和測序準確性，獲得基因組基本序列信息；2、構建較長插入片度的Mate pair文庫（2 kb、5 kb、8 kb、10 kb、20 kb）并測序，確定短片段序列間的相對位置，通過拼接組裝獲得基因組序列框架,在此基礎上通過生物信息學方法進行基因注釋和分析。
Illumina MiSeq數據為主，結合Illumina HiSeq2000數據
二、生物信息分析
1.原始數據整理、過濾及質量評估
2. 基因組序列拼裝與分析：
♦基因組序列拼裝
♦基因組拼裝效果評估 (Contig N50、Scaffold N50、基因組大小和GC含量 )
3. 功能元件分析：
♦蛋白編碼基因預測
♦非編碼RNA預測
♦蛋白編碼基因的功能注釋
♦蛋白編碼基因的KOG和GO注釋
♦蛋白編碼基因的代謝途徑注釋（KEGG pathway）
4.根據客戶要求進行個性化分析
三、結果展示
四、樣品要求
1、DNA樣品：Miseq DNA PE文庫濃度≥20ng/μl，總量≥6μg（熒光定量）；Miseq DNA MP文庫濃度≥40 ng/μl，總量≥12 μg（熒光定量）；454 DNA庫濃度≥20 ng/μl，總量≥3 μg（熒光定量），電泳檢測無明顯RNA條帶，基因組條帶清晰、完整，主帶應在100 kb以上。若樣品中有多糖、糖蛋白的殘留，對打斷DNA樣品帶來非常大的困難，且很難去除，因此特別要求所提供的樣品不要有多糖或糖蛋白污染。
2、動物樣品：對于一般物種應挑選肝臟、腎臟、血液等組織取樣，對于珍貴物種請提供耳樣、毛發（帶毛根）等脂肪含量較少的組織進行取樣。為了減少個體差異對后續拼接產生的影響，盡量從同一個個體中取樣。若物種體積較小，從一個個體中提取的DNA量不能滿足測序實驗所需，在保證量的前提下，應盡量減少采樣個體的數量。提供組織樣品應＞500 mg，盡量提供較多量，不同的物種DNA提取產量有差異。
3、植物樣品：植物材料應盡量選取植物組織幼嫩部位。提供組織樣品應＞500 mg，盡量提供較多量，不同的物種DNA提取產量有差異。
五、華津優勢
1. 利用Illumina MeSeq平臺的長讀長優勢和Illumina HiSeq2000的高通量優勢，能獲得高質量的基因組圖譜。
2. 已完成多項大型動植物基因組測序項目，有豐富的基因組測序及分析經驗。
3. 可根據實際需求個性化定制基因組測序方案。
經典案例一
蒙古馬和普氏野馬全基因組測序
結果：雄性蒙古馬和雄性普氏野馬在拼接組裝中分別組裝了2 Mb和3 Mb的Y染色體序列，獲得了迄今為止最完整的馬的Y染色體的序列圖譜；通過蒙古馬5號染色體與普氏野馬23、24號染色體間的序列相似性分析，確認了蒙古馬和普氏野馬間的一次染色體羅伯遜易位事件，并且發現羅伯遜易位并沒有導致染色體更多的局部重排，說明羅伯遜易位和染色體局部重排可能是由不同的機制引起的。研究還發現兩種重復序列對基因組的不穩定性有著強烈的影響。
原文索引：[Huang J L, et al. Analysis of horse genomes provides insight into the diversification and adaptive evolution of karyotype. Sci. Rep, 2014, 4: 4958.]
駱駝全基因組測序
背景：駱駝是駱駝科，駱駝屬的動物，分單峰駝、雙峰駝兩種。野駱駝生活在中國西北和蒙古西南部，能夠忍受酷熱和酷寒，并且適應貧瘠和稀缺的植被。駱駝有諸多特性：一天之內，駱駝的體溫可能經歷從34到41攝氏度的巨大變化；駱駝進食八倍于牛和羊的鹽，血糖水平是其他反芻動物的兩倍，但并未罹患糖尿病和高血壓；駱駝還能制造一種名為重鏈抗體的抗病蛋白。
結果：雙峰駝全基因組大小為2.38 Gb，發現20,821個蛋白編碼基因。在其它已完成基因組測序的物種中，雙峰駝與牛的遺傳關系最近，預計的分化時間大約在5500萬—6000萬年前�？焖龠M化分析發現，調節胰島素信號途徑的基因在雙峰駝中存在快速進化。研究還發現駱駝具有多個CYP2J基因拷貝，CYP2J基因與高壓升高相關。研究同時解析了駱駝嗅覺基因、解毒基因和免疫球蛋白的遺傳分子特征。
原文索引：[ Meng H, et al. Genome sequences of wild and domestic bactrian camels. Nat Commun, 2012, 3: 1202-1209.]
常見問題
1、Q：基因組框架圖和精細圖有什么不同？
2、Q：動植物基因組從頭測序時為什么需要構建不同類型的文庫？
3、Q：在動植物基因組從頭測序中，不同測序平臺分別有什么優勢？
動植物基因組重測序
簡介：
基因組重測序是對已知基因組序列物種的個體進行基因組測序，并在此基礎上對個體或群體進行比較基因組學分析。通過全基因組重測序可以找到大量的單核苷酸多態性位點（SNPs）、插入缺失（InDel）、結構變異（Structure Variation，SV）等變異信息，廣泛應用于群體遺傳學、臨床醫藥、動植物分子育種等眾多領域。
二、生物信息分析
1. 原始數據整理、過濾及質量評估
2. 基因組重測序分析：
♦與參考基因組比對
♦SNPs和InDel的檢測
♦SNPs和InDel的注釋
3. 根據客戶需求進行個性化分析
三、結果展示
四、樣品要求
1、DNA樣品：Miseq DNA PE文庫濃度≥20 ng/μl，總量≥6 μg（熒光定量）；Miseq DNA MP文庫濃度≥40 ng/μl ，總量≥12 μg（熒光定量）；454 DNA庫濃度≥20 ng/μl，總量≥3 μg（熒光定量），電泳檢測無明顯RNA條帶，基因組條帶清晰、完整，主帶應在100 kb以上。若樣品中有多糖、糖蛋白的殘留，對打斷DNA樣品帶來非常大的困難，且很難去除，因此特別要求所提供的樣品不要有多糖或糖蛋白污染。
2、動物樣品：對于一般物種應挑選肝臟、腎臟、血液等組織取樣，對于珍貴物種請提供耳樣、毛發（帶毛根）等脂肪含量較少的組織進行取樣。為了減少個體差異對后續拼接產生的影響，盡量從同一個個體中取樣。若物種體積較小，從一個個體中提取的DNA量不能滿足測序實驗所需，在保證量的前提下，應盡量減少采樣個體的數量。提供組織樣品應＞500 mg，盡量提供較多量，不同的物種DNA提取產量有差異。
3、植物樣品：植物材料應盡量選取植物組織幼嫩部位。提供組織樣品應＞500 mg，盡量提供較多量，不同的物種DNA提取產量有差異。
四、華津優勢
1、豐富的基因組重測序及分析經驗。
2、可根據實際需求個性化定制測序及分析方案。
雞基因組重測序
背景：雞是第一個完成基因組序列測定的農業動物（2004年），是研究脊椎動物遺傳、進化和發育重要的模式生物。